Votre dernier message indique que vous risquez d'avoir beaucoup de doublons, et avec les fusions il faut toujours être prudent, le risque est de fusionner des personnes qui ne devraient pas l'être. Donc comme l'a écrit Prédigny, sauvegarder toutes les bases que vous allez utiliser.
Avant de fusionner, je vous suggère de vérifier les doublons entre vos bases : recherche de doublons, puis cocher le bouton la généalogie ouverte et une généalogie externe, imprimez la liste des doublons (bouton Imprimante à droite de la barre de titre) et enregistrez là (format RTF ou PDF), une petite remarque : si vous avez plusieurs pages de doublons, il faut les imprimer les unes après les autres.
Ainsi, vous aurez une trace des personnes en commun entre vos deux base et de ce que vous pouvez fusionner et de ce que vous ne devez pas fusionner.
Et quand vous fusionnez, et que Généatique vous demande de confirmer, vérifiez que vous devez fusionner.
L'informatique n'est pas aussi fine que le cerveau humain. Alors pas de précipitation et vous aurez un résultat parfait.