Ca dépend de la façon dont Généatique à ajouter les médias. La méthode la plus fréquente c'est que Généatique copie l'image dans le dossier "Images" de la généalogie ; dans ce cas si les images avaient été enregistrées dans dans un autre dossier sur le pc (votre dossier Photos), vous pouvez supprimer ce dossier ou les images qu'il contient.
Pour être sur que toutes les images sont bien dans le dossier Images de la généalogie vous pouvez faire "Utilitaires/Gestion des médias/Liste des médias" et si tous les chemins commencent par Images\ alors c'est que toutes les images sont bien dans votre généalogie.
Avant de supprimer le dossier "Photos" vérifiez tout de même qu'il ne contient pas d'autres images ou documents que vous ne voulez pas perdre.