Il faut en effet réfléchir davantage à ce qui se passe. Je manque un peu de vision sur votre problème pour être d'une aide efficace.
Surtout, faites attention de ne pas restaurer une très ancienne généalogie qui, ayant le même nom qu'une récente, se substituerait à elle et ruinerait toutes vos saisies récentes.
G2006 ne gène pas le fonctionnement de G2011, les deux logiciels étant totalement indépendants. Je possède Généatique MX, G2000, G2004, G2006, G2007, G2009, G2010, G2011, G2012 et toutes fonctionnent sans problème. Le seul piège au quel il faut bien faire attention, c'est que les versions anciennes de Généatique mettaient par défaut les descriptifs et les généalogies dans "C:\Programmes\Généatique", alors que pour G2011 c'est C:\Utilisateurs\Nom utilisateur\Documents\Généatique. Vérifiez dans les préférences de G2011 que les répertoires par défaut sont bien dans cet emplacement.
Sinon, pour une désinstallation complète, il n'y a pas de problème si vous avez bien noté votre N° de série et le code d'activation. On peut même compléter (ou vérifier) la désinstallation avec l'explorateur de fichier, mais sauvegardez bien toutes vos données avant, sur clé usb et/ou dans un répertoire "C:\Utilisateurs\Nom utilisateur\Document\Bidon" de votre disque dur.